Judecătorii au decis atunci anularea tuturor probelor strânse de procurori, fiind constatată nelegalitatea rechizitoriului prin care Ion Iliescu a fost trimis în judecată, alături de Petre Roman, Gelu Voican Voiculescu, Virgil Măgureanu, general (rez.) Mugurel Cristian Florescu, amiral (rez.) Emil „Cico” Dumitrescu, Cazimir Ionescu, Adrian Sârbu şi Miron Cozma.
Practic, procurorii trebuie să refacă întreaga procedură, inclusiv să ceară aviz de la şeful statului pentru punerea sub acuzare a lui Ion Iliescu.
Procurorii militari susţineau că, în zilele de 11 şi 12 iunie 1990, autorităţile statului au hotărât să declanşeze un atac violent împotriva manifestanţilor aflaţi în Piaţa Universităţii din Bucureşti, care militau în principal pentru adoptarea punctului 8 al Proclamaţiei de la Timişoara şi îşi exprimau, în mod paşnic, opiniile politice, în contradicţie cu cele ale majorităţii care forma puterea politică la acel moment.
În acest atac ar fi fost implicate, în mod nelegal, forţe ale Ministerului de Interne, Ministerului Apărării Naţionale, SRI, precum şi peste 10.000 de mineri şi alţi muncitori din mai multe zone ale ţării.
Conform Parchetului Militar, atacul a fost pus în practică în dimineaţa zilei de 13 iunie 1990, având următoarele consecinţe: moartea prin împuşcare a patru persoane, vătămarea integrităţii fizice sau psihice a unui număr total de 1.388 de persoane, privarea de dreptul fundamental la libertate, din motive de ordin politic, a unui număr total de 1.250 de persoane.
În cadrul acestei acţiuni, peste 200 de persoane au fost ridicate şi transportate la o unitate militară a Ministerului de Interne din localitatea Măgurele, unde au fost reţinute până în după-amiaza aceleiaşi zile, când au fost lăsate să plece, după o cercetare sumară.
Fostul preşedinte Ion Iliescu era acuzat de procurorii militari că el este cel care a dat ordinul pentru evacuarea în forţă a manifestanţilor din Piaţa Universităţii, inclusiv prin folosirea unor muncitori din marile întreprinderi din Bucureşti.