Echipele calificate sunt următoarele:
Grupa A: FC Liverpool (Anglia), Anji Mahacikala (Rusia)
Grupa B: Atletico Madrid (Spania), Viktoria Plzen (Cehia)
Grupa C: Fenerbahce Istanbul (Turcia), Borussia Monchengladbach (Germania)
Grupa D: Girondins Bordeaux (Franţa), Newcastle United (Anglia)
Grupa E: Steaua Bucureşti (România), VfB Stuttgart (Germania)
Grupa F: Dnepr Dnepropetrovsk (Ucraina), SSC Napoli (Italia)
Grupa G: RC Genk (Belgia), FC Basel (Elveţia)
Grupa H: Internazionale Milano (Italia), Rubin Kazan (Rusia)
Grupa I: Olympique Lyon (Franţa), Sparta Praga (Cehia)
Grupa J: Lazio Roma (Italia), Tottenham Hotspur (Anglia)
Grupa K: Bayer Leverkusen (Germania), Metalist Harkov (Ucraina)
Grupa L: Hannover ’96 (Germania), Levante (Spania).
Celor 24 de echipe calificate din grupele Ligii Europa li se vor alătura, în 16-imi, cele opt formaţii care au încheiat pe locul trei în grupele Ligii Campionilor. Acestea sunt Dinamo Kiev (Ucraina), Olympiakos Pireu (Grecia), Zenit Sankt Petersburg (Rusia), Ajax Amsterdam (Olanda), Chelsea Londra (Anglia), BATE Borisov (Belarus), Benfica Lisabona (Portugalia) şi CFR Cluj (România).