Gelu Ştefan Diaconu a lucrat, în intervalul aprilie 1997-februarie 2001, ca director general adjunct al Direcţiei Generale a Vămilor, iar ulterior a ocupat un post de director general adjunct al Direcţiei de soluţionare a contestaţiilor din Ministerul Finanţelor.
În februarie 2005, a fost numit preşedinte al Autorităţii Naţionale a Vămilor de premierul Tăriceanu.