În prezent, Prefectura îşi desfăşoară activitatea în sediul din bulevardul Regina Elisabeta unde a funcţionat şi Primăria Capitalei, înaintea mutării acesteia pe Splaiul Independenţei.
La acest sediu se desfăşoară, însă, lucrări de consolidare, iar avansarea acestora ar face imposibilă desfăşurarea activităţii Prefecturii.
Primăria Capitalei s-a mutat în noul sediu de pe Splaiul Independenţei în martie 2010, pe perioada lucrărilor de consolidare şi reabilitare a clădirii de pe bulevardul Regina Elisabeta.
Până atunci, municipalitatea şi Prefectura au împărţit practic aceeaşi clădire.