Însă misterul ce învăluie acest zbor care s-a abătut semnificativ de la rută va fi greu de elucidat, mai ales că recuperarea cutiilor negre şi a resturilor aparatului se anunţă foarte dificilă.
Potrivit autorităţilor malaeziene, datele furnizate de operatorii sateliţilor Inmarsat şi AAIB (Biroul britanic de investigare a accidentelor aeriene) indică faptul că avionul s-a îndreptat către sud, într-o direcţie opusă planului său de zbor, şi ultima sa poziţie a fost în mijlocul Oceanului Indian, la circa 2.500 de kilometri de coastele de sud-vest ale Australiei. De asemenea, posibile resturi ale aparatului au fost observate de sateliţi şi avioane în respectiva zonă a oceanului.
Conform datelor disponibile până în prezent, transponderul avionului (emităţorul radio) ar fi fost deconectat intenţionat de la bordul avionului pentru ca acesta să nu mai poată fi detectat de radar şi să fie deturnat către o altă destinaţie. După deconectarea acestui instrument, avionul ar fi fost direcţionat ori pe un culoar către Asia Centrală, ori pe un altul către sudul Oceanului Indian. Însă cei mai mulţi experţi au privilegiat acest al doilea culoar deasupra oceanului, întrucât chiar şi fără transponder avionul ar fi fost detectat de radarele militare ce supraveghează spaţiile aeriene naţionale.
Însă chiar dacă se va reuşi delimitarea perimetrului prăbuşirii, recuperarea resturilor avionului va fi extrem de dificilă, fiind o zonă foarte ostilă, departe de uscat şi cu ape adânci şi agitate. Departamentul american al Apărării a trimis în zonă un sonar capabil să detecteze semnalele cele două cutii negre ale avionului, care înregistrează parametrii de zbor şi conversaţiile dintre piloţi, dar de obicei aceste semnale slăbesc în intensitate şi emiterea lor încetează complet după 30 de zile.
Potrivit experţilor, localizarea şi recuperarea resturilor avionului malaezian vor fi mai complicate decât în cazul Airbusului 330 al companiei Air France care s-a prăbuşit în iunie 2009 în Oceanul Atlantic în apropierea coastelor Braziliei şi pentru a cărui găsire a fost nevoie de doi ani.